دکتر سید عبدالقیوم سجادی، صاحب‌امتیاز دانشگاه خاتم‌النبیین، در واکنش به لغو جواز و مسدودشدن این دانشگاه از سوی وزارت تحصیلات عالی طالبان گفته است که این مرکز علمی، به گفته او، به «جرم ناکرده» قربانی تصمیم‌های فراقانونی و سلیقه‌ای شده است.
سجادی گفته است وزارت تحصیلات عالی پس از خودداری مؤسسان دانشگاه از امضای تفاهم‌نامه پیشنهادی، روز چهارشنبه، ۲۵ سنبله ۱۴۰۵، برای لغو جواز و مسدودکردن دانشگاه اقدام کرده است. به گفته او، در این تفاهم‌نامه صلاحیت‌های گسترده مالی و اداری به هیأت رهبری تعیین‌شده از سوی وزارت واگذار می‌شد.
او افزوده است که این طرح، از دید مؤسسان، حقوق مالکانه سهامداران را نادیده می‌گرفت و شامل صلاحیت‌هایی در زمینه مدیریت مالی، امور اداری و تعیین و برکناری استادان و کارمندان بود. سجادی گفته است مؤسسان به همین دلیل از امضای تفاهم‌نامه خودداری کردند.
صاحب‌امتیاز دانشگاه خاتم‌النبیین همچنین گفته است که یک روز پیش از معرفی هیأت رهبری جدید، این دانشگاه در ارزیابی‌ها و بازرسی‌های علمی و اداری ریاست نظارت و ارزیابی وزارت تحصیلات عالی، مستحق دریافت تقدیرنامه شناخته شده بود.
در مقابل، وزارت تحصیلات عالی طالبان لغو جواز شعبه‌های دانشگاه خاتم‌النبیین در کابل و غزنی را تأیید کرده و دلیل آن را «عدم تطبیق پالیسی»، «توهین به ارزش‌های اسلامی»، «استفاده نابجا از حیثیت دانشگاه» و «عملکرد خلاف اصول دانشگاه» عنوان کرده است. این وزارت گفته است دانشجویان برحال این دانشگاه می‌توانند تحصیلات خود را در سایر دانشگاه‌های خصوصی ادامه دهند.